在温室大棚中雨水不能进入，土壤灌溉只是一个浸润过程，在温度高，蒸发强的情况下，水分向上运动。大量施入而未被蔬菜全部吸收的化学元素随上行水向表层聚积，全部残留在土壤中。
1.盐分聚积问题及危害
露地施肥时，一部分肥料被作物吸收，其余未被吸收的氮、钾成分多被淋失，残留在土壤中的很少。然而保护地中尤其在温室大棚中雨水不能进入，土壤灌溉只是一个浸润过程，在温度高，蒸发强的情况下，水分向上运动。大量施入而未被蔬菜全部吸收的(NH4)2SO4、NH4Cl、NH4NO3、NH4HCO3、(NH4)2HPO4、CO(NH2)2和磷、钾肥随上行水向表层聚积，全部残留在土壤中。常年聚积使土壤溶液浓度过高，产生浓度障碍，造成蔬菜吸收水分和养分的困难。
当土壤总盐浓度超过3000微克/克时，蔬菜生长出现障碍，其典型症状是叶色浓绿异常，略有萎缩，猕猴桃生长点附近叶缘黄化卷缩，果实膨大缓慢，番茄表现为果实着色不良，形成脐腐果。在保护地生长中，对作物生育影响最大的是土壤溶液中的硝酸盐含量。蔬菜作物生长的硝态氮最适浓度是200～30O微克/克，但保护地土壤溶液中的硝态氮含量大多在300～1000微克/克，有时竟达1500微克/克。
2.离子平衡问题
由于离子的拮抗作用，造成养分吸收异常，导致营养失调。例如，土壤溶液中的NH+4浓度过高，会妨碍钙吸收。因此提出保护地适当控制氮肥的必要性。
3.气体危害的问题
在塑料棚、温室条件下，常会出现气体的危害。这种情况多见于尿素施肥过量。通常认为，碳铵、氨水、氨气易挥发，大多有所警惕，而把尿素看作是比较安全的。其实，尿素施入土壤以后，在尿酶的作用下，形成碳酸铵，再分解生成游离的氨逸在棚室空气中。氨气积累到10微克/克以上时，蔬菜就会受害，叶片开始呈水渍状斑，而后细胞失水死亡，形成枯死斑块。正因为如此，在生产上常提出易挥发铵态肥一次施用量每公顷不超过1120千克。此外，也可能发生N02气体危害，NO2气体是在土壤呈强酸性(pH5.0以下)而且含大量铵态氮肥时发生。如大量施用氨态氮肥，经硝化作用后生成硝酸使土壤酸化，亚硝酸向硝酸转化受阻，而氨向亚硝酸转化仍能进行，逐步积累的亚硝酸因土壤强酸性变得不稳定而气化，形成N02气体。当N02气体达到2微克/克时从蔬菜外观上就可看出危害症状。
4.有机质匾乏和土壤结构变差
由于保护地条件下的土壤比较疏松，好气性微生物活跃，加快了土壤有机质的矿化过程，因此保护地条件下不利于土壤有机质积累。又由于频繁灌溉和耕作，土壤结构遭受破坏，加之有机质大量消耗，更不利于结构形成。
5.有益微生物减少而病原菌增多
由于高肥和盐分积累，根际盐分浓度增高使固氮菌等一些有益微生物受到危害，活性降低，数量减少，影响了土壤肥力的提高;相反，奇异果一些病原菌在长期高温高湿条件下得以繁殖增加，容易使作物染病。
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