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我们为什么常说腐熟不彻底的是粪、腐熟彻底那才是肥。
家畜农家肥是有机肥生产的好原料，
过度使用未经无害化处理的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情况下(通常是新鲜粪便)有烧苗现象;大量使用粪便也能引起土壤中溶解盐的积累，使土壤盐分增高，植物生长受影响。据报道，1999年在非洲有31%的牧场因畜禽粪便污染导致土壤发生盐渍化，土壤肥力下降。
1、传染病虫害
家畜农家肥中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响;未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。
2、发酵烧苗
发酵不充分的家畜农家肥施到地里后，当发酵条件具备时，便开始发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
3、导致土壤酸化 果树烂根，黑根。
家畜粪普遍是强酸性肥料(PH值为3.6~4.7)，在果园里施用酸性家畜粪，不但易造成土壤酸化，还易造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病，严重时导致植株死亡。
4、毒气危害
生粪在分解过程中易产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
5、土壤缺氧
有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
6、肥效缓慢
未发酵腐熟的家畜粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
7、重金属超标
重金属是指比重大于5的金属，约有45种，包括铅(Pb)、镉(Cd)、汞(Hg)、铬(Cr)、铜(Cu)、锌(Zn)、镍(Ni)等。砷(As)虽不属于重金属， 但因其来源以及危害都与重金属相似，故通常列入重金属类进行研究讨论。重金属在畜禽粪便中的积累量与畜禽的种类有关，同一种类中，重金属含量又与畜禽的年龄、畜禽粪便的处理方式等因素有关，但最终取决于饲料添加剂以及在防治畜禽病害中一些微量元素的使用量。
随着集约化、规模化养殖业的快速发展，一些重金属元素等被广泛应用于饲料添加剂，加之微量元素在动物体内生物效价很低，大部分都随畜禽粪便排放到环境中，给生态环境造成巨大的压力。当这种含有大量重金属的畜禽粪便长期施用于农田时，可造成土壤的重金属污染，其中的重金属元素在土壤-水-植物系统中积累转化，并最终通过食物链对人体健康造成威胁。还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给食品安全、农业产业的可持续发展埋下隐患。
8、容易滋生线虫危害
以生鸡粪为例：鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。
线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。
9、利用不便、效率低
生粪未经处理，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
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